Das Waterhuus ist zugleich Treffpunkt und Kernzelle der „Naturfreunde Borkum“. Dies ist eine Gruppe interessierter Personen, die sich für die Natur auf unserer Insel engagiert; sie ist eine lose örtliche Dachorganisation unter der Führung der Umweltbeauftragten der Stadt Borkum, unter Beteiligung u. a. von Mitarbeitern der Niedersächsischen Nationalparkverwaltung, Nationalparkrangern, des NABU, des Heimatvereins der Insel, des Freundeskreises Nordseeaquarium, des Watertoorn Börkum e.V. Sie ist offen für weitere Interessenten auf der Insel. Die „Naturfreunde“ sollen die Natur- und Umweltinteressen auf der Insel bündeln, in den Blickpunkt stellen und bearbeiten.

Willkommen sind Menschen jeden Alters, Einheimische wie Borkumreisende, in Gruppen oder einzeln: Feriengäste, Tagesgäste, auch aus den Niederlanden, Schulklassen auf Klassenfahrt, Gäste der größten Deutschen Jugendherberge und Feriengäste der verschiedenen Familien-Erholungshäuser, Belegschaften auf Betriebsausflügen, Tagungsgäste, Reha-Patienten aus Borkumer Kliniken.

Auch Menschen mit körperlicher Beeinträchtigung ist es möglich, die Angebote des Wassermuseums zu erleben. Den Turm, der sich nicht barrierefrei ausbauen lässt, können sie zwar nicht besteigen, aber über besondere Monitore und über moderne Audio- und Videoeinrichtungen mit ihren Begleitern verbunden, können sie vom Waterhuus aus alles im Turm durch deren Augen betrachten.